Sjöar och vattendrag 

Vattenförvaltningen omfattar alla sjöar, vattendrag, kust- och grundvatten, oavsett storlek eller andra egenskaper. Av praktiska skäl sätts dock en nedre storleksgräns för vilka vatten som beskrivs och får fastställda miljökvalitetsnormer. Den minsta enheten benämns vattenförekomst.

En vattenförekomst är ett homogent vattenområde, exempelvis en sjö eller en sträcka i en å eller en älv. För sjöar gäller en minsta yta på 1 km², och för vattendrag skall inte uppströms liggande tillrinningsområde understiga 10 km². Vissa mindre sjöar och vattendrag, värdefulla vatten och vatten med miljöproblem, har dock tagits med som vattenförekomster efter en behovsprövning. Ett vattendrag, en sjö eller kustvattenområde kan bestå av flera vattenförekomster.

Övergödning

Västerhavets vattendistrikt har ett omfattande jordbrukslandskap i norra Skåne, Halland och runt Vänern. Övergödningen beror till stor del på belastning av kväve och fosfor (näringsämnen), där jordbruket står för hälften av distriktets fosfor- och kvävebelastning till ytvattnet. Även hushållens och olika verksamheters avloppsvatten utgör en betydande källa till näringsämnen.

I sydvästra Sverige är samtidigt nedfallet av kväve från luften stort genom "import" från länder som till exempel England, Tyskland och Polen. Detta tillsammans har bidragit till att skapa den problembild som finns i distriktet - övergödda sjöar och vattendrag samt ett kustvatten med bland annat kraftiga algblomningar, syrebrist och ansamling av fintrådiga alger i grunda vikar.

I många sjöar har man lyckats minska fosforhalten - Vänern är ett sådant bra exempel - medan kvävehalterna inte minskat som de borde, något som är särskilt tydligt i de många jordbruksåarna kring Vänern.

Fysisk Påverkan

Många vatten, både sjöar och vattendrag, i hela distriktet är påverkade av fysiska förändringar. Dessa är till exempel dammar och andra konstruktioner för utvinning av vattenkraft samt åtgärder som syftar till att avvattna mark. Den vanligaste typen av känd fysisk påverkan är olika typer av vandringshinder, som gör att fisk inte kan vandra uppströms eller nedströms vattendraget. Ett hinder kan också påverka transport av näringsämnen, sediment och organiskt material vilket påverkar ekosystemen såväl uppströms som nedströms hindret.

Försurning

Ett problem som utmärker Västerhavets vattendistrikt är försurningen av vattendrag och sjöar. Det är inte bara den sura nederbörden som bidrar till försurningen, utan även de geologiska förutsättningarna och markanvändning i form av jord- och skogsbruk påverkar. Försurningsproblematiken är störst i de mer skogsdominerade delarna, till exempel på sydsvenska höglandet, Dalsland och Värmland. 
Skogsbruket bidrar till ökad markförsurning genom att neutraliserande ämnen förs bort från skogsmarken. En betydande del av distriktets vattenförekomster kalkas för att motverka försurningens påverkan, och upprätthålla bra levnadsförhållanden för växt- och djurliv.

Miljögifter

Förekomsten av miljögifter är störst i vatten i anslutning till de större orterna, vägar samt i intensivt odlade jordbruksområden. Den sedan länge omfattande industrialiseringen inom vattendistriktet har också givit upphov till ett flertal förorenade områden. Fler kan tänkas ha en negativ påverkan på yt- och grundvatten, även om de ofta är dåligt undersökta när det gäller utläckage av miljögifter. Många miljögifter kan dessutom färdas långa sträckor via luften och därmed i hög grad transporteras hit även från källor utanför landets gränser. Trots att omfattande åtgärder satts in för att minska utsläppen av kvicksilver i Sverige kvarstår det fortfarande som ett av de största miljöproblemen i hela landet.