Vattnet i distriktet 

Vattenförvaltningen utgår från vattnets naturliga väg genom landskapet istället för administrativa gränser. Det vill säga den utgår från så kallade avrinningsområden istället för exempelvis kommungränser. Med utgångspunkt i de olika avrinningsområdena bestäms sedan vilka vatten som tillsammans ska ingå i ett vattendistrikt.

Inom Södra Östersjöns vattendistrikt finns 30 huvudavrinningsområden där Motala ström, Emån och Helge å utmärker sig som arealmässigt mycket stora för sydöstra Sverige. Många av vattendragen har ett stort samhällsekonomiskt värde; till exempel för vattenuttag för hushållsändamål, industriella ändamål och för bevattning samt för kraftproduktion.