Distriktets organisation
Länsstyrelsen i Norrbottens län är vattenmyndighet i Bottenvikens vattendistrikt. Vattenmyndigheten har det övergripande ansvaret för förvaltningen av kvaliteten i våra vatten.

Vattendelgationen
För varje vattenmyndighet har en vattendelegation utsetts med uppgift att fatta beslut inom vattenmyndighetens ansvarsområde. Landshövdingen i Norrbotten är ordförande i vattendelegationen i Bottenvikens vattendistrikt och medlemmarna utses av regeringen. Delegationen fastställer bl.a. miljöövervakningsprogram, miljökvalitetsnormer, förvaltningsplaner och åtgärdsprogram.
Referensgrupp till vattendelegationen
Referensgruppen kommer att spela en viktig roll i distriktet genom att ha bred representation från kommuner, industrier, skogsbolag, ideella organisationer m.fl. Vattenmyndighetens och länsstyrelsernas strävan är att skapa en bra samverkan och dialog med dessa verksamhetsutövare och organisationer.
Beredningssekretariat
Länsstyrelsernas beredningssekretariat ansvarar för det löpande arbetet och bistår vattenmyndigheten i olika frågor och tar fram underlag till miljömål, åtgärdsprogram, miljöövervakningsprogram mm. I Bottenvikens vattendistrikt finns beredningssekretariat på länsstyrelsen i Norrbotten och Västerbotten.
Centrala myndigheter
De centrala myndigheterna Naturvårdsverket (NV) och Sveriges Geologiska Undersökning (SGU) ska utfärda föreskrifter inom sina ansvarsområden. De ska också ge ut "Handboken för vatten", som ger riktlinjer och praktisk vägledning för hur arbetet ska bedrivas i distrikten.