Länsstyrelsen har det övergripande ansvaret för det regionala arbetet inom vatten- och miljöområdet. Varje länsstyrelse har ett beredningssekretariat som hjälper vattenmyndigheten med vattenförvaltningsarbetet i länet.
Länsstyrelsen har för sina respektive län det övergripande ansvaret för regionalt arbete inom vatten- och miljöområdet. De ska bland annat övervaka tillståndet i länets vatten och utöva tillsyn över verksamheter med koppling till vatten, till exempel vattenkraftverk och industrier med utsläpp till vatten.
På Sveriges alla 21 länsstyrelser finns ett beredningssekretariat som ansvarar för arbetet med vattenförvaltningen i länet. De sköter en stor del av det operativa arbetet, det vill säga bedömer vattnens status, samtalar med verksamhetsutövare, tar fram förslag till åtgärder med mera. De ska, tillsammans med vattenmyndigheterna, ta fram kunskapsunderlag och lämna förslag till miljökvalitetsnormer, övervakningsprogram och åtgärdsprogram för alla avrinningsområden.
Länsstyrelsen ska i sitt arbetet med vattenförvaltningen:
- Hjälpa till att samordna vattenförvaltningen i distriktet.
- Stötta och medverka till bildandet av vattenråd.
- Stödja vattenmyndigheten med att utarbeta förslag till miljökvalitetsnormer, åtgärdsprogram, förvaltningsplaner och miljöövervakningsprogram.
- Samordna och genomföra åtgärdsprogram och miljöövervakningsprogram i distriktets delområden.