För att på bästa vis utnyttja befintlig kunskap om vatten och resurser har Bottenhavets vattendistrikt delats in i 13 delområden och huvudansvariga länsstyrelser har utsetts.
Norra Ångermanlands skogsvattendrag
Huvudavrinningsområden:
Leduån (31), Lögdeälven (32), Husån (33), Gideälven (34), Idbyån (35), Moälven (36), Nätraån (37).
Kustavrinningsområden: 30/31 (del av), 31/32, 32/33, 33/34, 34/35, 35/36, 36/37.
Samordningsansvarig länsstyrelse: Västernorrland.
Ångermanälven
Huvudavrinningsområden:
Ångermanälven (38), Gådeån (39), Vapstälven-Vefsna (115).
Kustavrinningsområden: 37/38, 38/39.
Samordningsansvarig länsstyrelse: Västernorrland.
Indalsälven
Huvudavrinningsområde: Indalsälven (40).
Kustavrinningsområden: 39/40, 40/41.
Fjällavrinningsområde: 114/115 (Stjördalselva)
Samordningsansvarig länsstyrelse: Jämtland.
Ljungan
Huvudavrinningsområden:
Selångersån (41), Ljungan (42), Nean-Nidelva (114). Kustavrinningsområden: 41/42, 42/43.
Samordningsansvarig länsstyrelse: Jämtland.
Hälsinglands skogsvattendrag
Huvudavrinningsområden: Gnarpsån (43), Harmångersån (44), Delångersån (45), Nianån (46), Norralaån (47).
Kustavrinningsområden: 43/44, 44/45, 45/46, 46/47.
Samordningsansvarig länsstyrelse: Gävleborg.
Ljusnan
Huvudavrinningsområden: Ljusnan (48), Rogen-Göta älv (108), Glomma (113).
Kustavrinningsområden: 47/48, 48/49.
Samordningsansvarig länsstyrelse: Gävleborg.
Gästriklands skogsvattendrag
Huvudavrinningsområden:
Skärjån (49), Hamrångeån (50), Testeboån (51), Gavleån (52).
Kustavrinningsområden: 49/50, 50/51, 51/52, 52/53.
Samordningsansvarig länsstyrelse: Gävleborg.
Dalälven
Huvudavrinningsområde: Dalälven (53).
Kustavrinningsområde: 53/54 (del av).
Samordningsansvarig länsstyrelse: Dalarna.
Norra Ångermanlands kustvatten
Kustvattenområden: Mjältöfjärden, Näskefjärden, Nätrafjärden, Gullviksfjärden, Bäckfjärden, Örnsköldsviksfjärden, Dekarsjöfjärden, Nötbolandsfjärden, Idbyfjärden, Havsfjärden, Risöfjärden, Husumbukten, Degerfjärden, Nordmalingsfjärden, Yttre Nordmalingsfjärden, Höga Kustens kustvatten, Norra Bottenhavets kustvatten.
Samordningsansvarig länsstyrelse: Västernorrland.
Södra Ångermanlands kustvatten
Kustvattenområden: Södra sundet, Norra sundet, Älandsfjärden, Hemsösundet, Storfjärden, Ramöfjärden, Kramforsfjärden, Bollstafjärden, Norafjärden, Grönsviksfjärden, Gaviksfjärden, Edsätterfjärden, Omnefjärden, Ullångersfjärden, Dockstafjärden, Norrfjärden, Höga Kustens kustvatten.
Samordningsansvarig länsstyrelse: Västernorrland.
Medelpads kustvatten
Kustvattenområden: Björköfjärden, Sundsvallsbukten, Svartviksfjärden, Draget, Sundsvallsfjärden, Alnösundet, Klingerfjärden, Åvikebukten, Mellersta Bottenhavets kustvatten, Höga Kustens kustvatten.
Samordningsansvarig länsstyrelse: Västernorrland.
Hälsinglands kustvatten
Kustvattenområden: Vallviksfjärden, Ljusnefjärden, Sandarnefjärden, Söderhamnsfjärden, Midsommarfjärden, Skärsåfjärden, Långvindsfjärden, Enångersfjärden, Hålsängesfjärden, Siviksfjärden, Agöfjärden, Njutångersfjärden, Gårdsfjärden, Hudiksvallsfjärden, Mellersta Bottenhavets kustvatten.
Samordningsansvarig länsstyrelse: Gävleborg.
Gästriklands kustvatten
Kustvattenområden: Skutskärsfjärden, Gävlebukten, Yttre Fjärden, Axmarfjärden, Kusöfjärden, Mellersta Bottenhavets kustvatten.
Samordningsansvarig länsstyrelse: Gävleborg.