Vattnet i distriktet
Vattenförvaltningen utgår från vattnets naturliga väg genom landskapet istället för administrativa gränser. Det vill säga den utgår från så kallade avrinningsområden istället för exempelvis kommungränser. Med utgångspunkt i de olika avrinningsområdena bestäms sedan vilka vatten som tillsammans ska ingå i ett vattendistrikt.
Mälarens 22 600 km2 stora tillrinningsområde är en betydande del av Norra Östersjöns vattendistrikt. Det omsluter sjön som en stor rektangel förskjuten mot norr och framför allt mot väster (Hjälmaren) i förhållande till sjön. Mälaren är upptagen som riksintresse med hänsyn till de natur- och kulturvärden som finns, och turismens och friluftslivets intressen ska särskilt beaktas. Det innebär att Mälaren hör till de särskilt värdefulla områden som redan i själva lagtexten har utpekats som riksintresse.
Strändernas värde för natur- och kulturupplevelser samt bad och friluftsliv hotas av igenväxning, algblomning, exploatering av stränder för bebyggelse samt privatisering av strandzonen. Önskemål om sjönära boende har dessutom ökat de senaste åren, både runt Mälaren och i skärgården.
De inre delarna av Stockholms skärgård är starkt påverkad av utflödande sötvatten från Mälaren. En skärm av tätt liggande öar förstärker denna påverkan genom att vattenutbytet med utanför liggande havsområden begränsas.
Upplands kust och skärgård omfattar en sträcka på ca 600 km. Den omfattar flera grunda havsvikar med höga naturvårdsvärden och flera marina reservat är under bildning.
Ytterskärgården karaktäriseras av många öppna fjärdar. De inre områden med öar är mindre utsatta för vågexponering, medan yttre områden mot öppet hav är påtagligt vågexponerade. Bottentopografin utmärks av varierande djup; rikligt med grund och djupa förkastningar. Djupare områden har permanent skiktning.